Linux n'est en fait que le noyau du système d'exploitation. Seul, il est bien évidemment inutilisable. Sans utilitaire de login ou sans interpréteur de commandes (shell, genre de command.com doppé), la machine est tout simplement inutilisable. Il faut donc disposer des utilitaires de base du système. Dans le monde Unix, ceux-ci sont très nombreux. Pour des problèmes liés notamment aux licences, on ne pouvait pas reprendre les utilitaires Unix tels quels (le code source, disponible dès le départ, a fini par ne plus l'être dans les versions commerciales de Unix).
D'où la nécessité de réécrire tous les utilitaires à partir de zéro, tâche a priori impossible étant donnée l'immensité du travail à accomplir. Et pourtant, quelques courageux ont décidé de s'y mettre sérieusement. C'est la qu'intervient la FSF, Free Software Foundation, créée dès 1984 par un grand nom du logiciel libre : Richard Stallman (alias RMS).
RMS est un informaticien de renommée mondiale. Il travaillait au célèbre MIT, dans le laboratoire d'intelligence artificielle. La tradition d'échange de code source entre développeurs était alors bien établie. Puis des problèmes ont commencé à apparaître, quand le code source de certains systèmes sont devenus fermés, indisponibles et non modifiables sans poursuites légales. Excédé, RMS décide de créer un système complètement libre, pour ne plus devoir subir ce genre de désagréments.
Pour être certain que le travail qu'il voulait entreprendre ne soit pas repris comme propriété intellectuelle de son employeur, il décide donc de quitter le MIT ! Et c'est parti, un projet de système d'exploitation libre. Il sera de type Unix, étant donnée sa bonne réputation, ses qualités et son âge mûr. Ce projet sera appelé GNU pour ''GNU is Not Unix'' (acronyme récursif, prisé par les hackers).
Note en passant : beaucoup de gens (y compris les médias) confondent les termes hacker et cracker. Un cracker est une personne qui s'introduit dans des systèmes informatiques avec intention de nuire ou assimilée (vol de numéro de cartes de crédit, atteinte au prestige d'une société, etc). Un cracker peut être un des ''scripts kiddies'', càd un jeune (certains ont 12 ans à peine) qui ne fait que lancer des utilitaires de cracks, sans généralement en comprendre le fonctionnement. Le hacker est un informaticien de très haut vol qui aime éprouver les limites et la fiabilité des systèmes. Ils ont plutôt tendance à prévenir le gestionnaire d'un système s'ils constatent que ce dernier est trop ''perméable'' -- mais ceci sans avoir fait subir de nuisance.
Désormais, la plupart des utilitaires Unix ont trouvé un équivalent fonctionnel. D'aucun prétendent même qu'une bonne partie est plus efficace que l'original. Le projet GNU est donc en bonne voie. Et énormément de code incorporé dans les système Linux complets proviennent du projet GNU. C'est pourquoi il est bien plus juste et correct de parler de GNU/Linux que de Linux, ce qui ferait injure au travail gigantesque des membres du projet GNU.
Ce projet est loin d'être terminé. Pour être complet, il faut plus que les utilitaires. Il faut aussi écrire les applicatifs de plus haut niveau, auxquels les utilisateurs de Windows sont plus habitués. Une des premières grandes réalisations dans ce domaine est GIMP, un logiciel fonctionnellement équivalent au puissant Photoshop, mais réécrit à partir de zéro et en logiciel libre !
Enfin, il faut savoir que le projet GNU avait en tête un autre noyau que Linux, appelé le Hurd. Mais Linux est déjà là, stable et mature, tandis que le hurd, beaucoup plus complexe, n'a pas encore vraiment atteint ce stade. Un système libre de type GNU est donc soit GNU/Linux, assez répandu, ou bien GNU/Hurd, encore assez rare.